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据2016年10月中国工程院官网显示，中国工程院由院士大会、主席团、院领导、7个专门委员会、9个学部、与内设机构等组成。

院士大会：中国工程院的较高权力机构，由全体院士参加，每逢公历双年份6月先进周举行。

主席团：院士大会闭会期间的常设领导机构，主席团由院长、副院长、当然成员、各学部主任和若干名经院士大会直接选举的成员组成。院长为主席团执行主席，主持主席团会议。

专门委员会：院士增选政策委员会、科学道德建设委员会、咨询工作委员会、科技合作委员会、学术与出版委员会、教育委员会、产业工程科技委员会 

学部：机械与运载工程学部，信息与电子工程学部，化工、冶金与材料工程学部，能源与矿业工程学部，土木、水利与建筑工程学部，环境与轻纺工程学部，农业学部，医药卫生学部，工程管理学部

内设机构：办公厅（下设院长办公室、机关党委（纪检监察）办公室、行政后勤处（综合处）、政策研究处、宣传处、人事处、财务处、信息中心、知识中心办公室）、一局（下设教育处（综合处），咨询处，机械与运载工程学部办公室，化工、冶金与材料工程学部办公室，能源与矿业工程学部办公室）、二局（下设增选处（综合处），科学道德处，土木、水利与建筑工程学部办公室，环境与轻纺工程学部办公室，农业学部办公室）、三局（下设科技合作处（综合处）、学术与出版办公室、主编室、信息与电子工程学部办公室、医药卫生学部办公室、工程管理学部办公室）、国际合作局（下设综合处、一处、二处） 

公共支撑单位：中国工程院咨询服务中心、中国工程科技知识中心、战略研究联盟、各地院士工作服务中心 

截至2017年11月，中国工程院共有院士882人，其中机械与运载工程学部128人，信息与电子工程学部126人，化工、冶金与材料工程学部111人，能源与矿业工程学部118人，土木、水利与建筑工程学部111人，环境与轻纺工程学部55人，农业学部77人，医药卫生学部123人，工程管理学部58人（其中跨学部院士25人）；此外还有外籍院士66人、已故院士188人、已故外籍院士16人